потенциальная яма, в особенности часто цитируемая в спектроскопии, это система из двух атомов (как минимум). где есть силы притяжения (электрон-протон) и силы отталкивания (протон-протон, электрон-электрон).
отталкивание электрон-протон в отдельно взятом атоме действительно должно существовать, но вот откуда оно берется ... мистика современной науки ;))))